ดูโคนันคุโด้ชินอิจินักสืบมัธยมปลายผู้ชื่นชอบการไขคดีต่างๆ มีแฟนคนหนึ่งชื่อโมริรันซึ่งเป็นลูกสาวของนักสืบโมริโกโกโร่วันหนึ่งชินอิจิได้เข้าไปพัวพันกับกลุ่มชายในชุดดำทำให้เขาถูกจับได้ว่าเสพยาเขากลายเป็นเด็กดังนั้นจึงเปลี่ยนชื่อเป็นเอโดงาวะโคนันจากนั้นเขาก็ ไปที่ Morikogoro และใช้อุปกรณ์ที่ดร. แก๊งคนดำและเปิดเผยความจริงกับมิยาโนะชิโฮะหรือไฮบาระไออดีตสมาชิกองค์กรชุดดำที่ช่วยโคนันมีเพื่อนในชั้นเรียนใหม่เช่นโยชิดะอายูมิสึบุรายะมิสึฮิโกะและโคจิมะเก็นตะ เรื่องราวของคดีความสัมพันธ์และความรักของตัวละครและองค์กรด้านมืดดำเนินไปอย่างช้าๆ โดยไม่มีการพูดถึงตอนจบ แต่อย่างใด